Pierwszym znanym nam człekowatym mieszkańcem Indonezji był tak zwany „człowiek z Jawy”, inaczej Homo erectus. Żył na tych obszarach pół miliona lat temu. Około 60 000 lat temu przodkowie obecnych Papuańczyków przemieszczali się przez te wyspy w kierunku wschodnim, ostatecznie docierając do Nowej Gwinei i Australii około 30- 40 000 lat temu. Znacznie później, około 4 000 lat p.n.e. pojawili się przodkowie dzisiejszych Malajczyków, Jawajczyków i innych malajsko-polinezyjskich grup, które teraz tworzą przeważającą część populacji Indonezji.
Kontrakty handlowe z Indiami, Chinami i Azją południowo-wschodnią zaowocowały dla Indonezji wpływami kulturowymi i religijnymi. Jednym z pierwszych imperiów było, pozostające pod silnymi wpływami hinduskimi, Imperium Śriwidźaja, położone na wybrzeżu Sumatry, wokół strategicznej cieśniny Malakka. Służyło ono jako centrum sieci kupieckiej, która sięgała do wielu części archipelagu ponad tysiąc lat temu. Na sąsiedniej Jawie, wielkie królestwa wnętrza wyspy wzniosły mnóstwo przepięknych pomników religijnych, takich jak Borobudur. Jest to jedna z największych świątyń buddyjskich na świecie. Ostatnim i najpotężniejszym z tych wczesnych hindusko-jawajskich królestw było czternastowieczne imperium Majapahit.
Kontrolowało one większość obszaru, znanego nam jako dzisiejsza Indonezja. Utrzymywało kontakty z placówkami handlowymi położonymi tak daleko, jak na zachodnim wybrzeżu Papui Nowej Gwinei. Muzułmańscy handlarze z Indii zaczęli rozprzestrzeniać swoją religię w Indonezji w VIII i IX wieku. Gdy Marco Polo dotarł na Północną Sumatrę w końcu XIII wieku, były już tam założone pierwsze islamskie państwa. Niedługo potem władcy na północy Jawy przyjęli nowe wyznanie i podbili hinduistyczne imperium Majapahit w głębi Jawy. Wiara stopniowo rozszerzała się po całym archipelagu. Dziś Indonezja to największy na świecie naród muzułmański. Liczne przyprawy Indonezji sprowadziły po raz pierwszy portugalskich kupców do głównego portu Malakka w 1511 roku. Przyprawy, takie jak goździki i gałka muszkatołowa, ceniono za smak, ale wierzono także, że są uniwersalnym lekarstwem i potrafią wyleczyć choroby od dżumy, aż po choroby weneryczne. Były dosłownie warte swojej wagi w złocie.
Holendrzy ostatecznie wyrwali Portugalczykom kontrolę na handlem przyprawami, a wytrwała Dutch East India Company (znana pod skrótem VOC) ustanowiła monopol na przyprawy, który trwał do XVIII wieku.
W XIX wieku, Holendrzy rozpoczęli uprawę cukru i kawy na Jawie. Wkrótce wyspa zapewniała trzy czwarte uprawy kawy na świecie. Na przełomie XIX i XX wieku obecności Holendrów w Indonezji rzuciło wyzwanie narodowe powstanie, będące wynikiem prawie trzech wieków uciskającej władzy kolonialnej.
Po II wojnie światowej wybuchła czteroletnia wojna partyzancka pod wodzą nacjonalistów przeciwko Holendrom na Jawie. Wraz ze skutecznymi zagranicznymi działaniami politycznymi, pomogła ona uzyskać niepodległość. Republika Indonezji została oficjalnie proklamowana 17 sierpnia 1945 roku. Zyskała niepodległość 4 lata później. Na przestrzeni pierwszych dwóch dekad niepodległości, republika zdominowana była przez charyzmatyczną postać Sukarno, jednego z wczesnych nacjonalistów więzionych przez Holendrów. Generał (w stanie spoczynku) Soeharto przejął władzę od Sukarno w 1967 roku.
Gospodarka Indonezji w latach siedemdziesiątych opierała się głównie na eksporcie oleju. Azjatycki kryzys finansowy, który wybuchł w połowie 1997 roku, sparaliżował ekonomię kraju. W szczytowym jego momencie rupia straciła względem dolara amerykańskiego 80% swojej wartości. 21 Maja 1998 Soeharto zrezygnował po 32 latach sprawowania władzy i został zastąpiony przez B.J. Habibie, czemu towarzyszyły krwawe zamieszki. Pierwsze demokratyczne wybory w Indonezji odbyły się w październiku 1999 roku. W ich wyniku prezydentem został Abdurrahman 'Gus Dur' Wahid.