Japonia należy do strefy klimatycznej z czterema wyrazistymi porami roku, jednak jej klimat jest zróżnicowany: od chłodnych temperatur na północy do podzwrotnikowych na południu. Na klimat mają również wpływ sezonowe wiatry, które wieją od kontynentu w stronę oceanu w czasie zimy i na odwrót  latem. Klimat w większości głównych miast, w tym Tokio, jest umiarkowany do podzwrotnikowego z czterema porami roku. Zimy są łagodne, a lata gorące i wilgotne. Wczesnym latem następuje pora deszczowa, a późnym latem w część kraju uderzają tajfuny. Klimat północnej wyspy Hokkaidō i wybrzeża Morza Japońskiego jest chłodniejszy, z dużymi opadami śniegu. W Okinawie natomiast średnia temperatura w styczniu wynosi aż 17 stopni Celsjusza.

Japonia jest  deszczowym krajem z wysoką wilgotnością. Z uwagi na dużą rozpiętość szerokości geograficznej, kraj charakteryzuje zróżnicowanie klimatu. Klimat różni się  nie tylko w zależności od szerokości geograficznej ale i położenia danego obszaru – nad Pacyfikiem lub Morzem Japońskim. Północna Japonia ma ciepłe lata, ale długie, chłodne zimy z dużymi opadami śniegu. Centralna Japonia ma gorące, wilgotne lata i krótkie zimy, natomiast na południowym-zachodzie kraju lata są gorące i wilgotne, a zimy łagodne.

Dwa główne czynniki mają wpływ na klimat Japonii: lokalizacja blisko kontynentu azjatyckiego i występowanie mocnych prądów morskich. Miesiące od czerwca charakteryzuje gorąca, mokra pogoda przyniesiona przez tropikalne masy powietrza znad Pacyfiku i południowo-wschodniej Azji. Te masy powietrza są pełne wilgoci, którą oddają, gdy dotrą do lądu w postaci intensywnych opadów. Pora deszczowa zaczyna się na początku czerwca i trwa około miesiąc. Po niej następuje gorąca, parna pogoda. Pięć do sześciu tajfunów przechodzi nad Japonią lub w jej okolicach każdego roku w okresie od wczesnego sierpnia do wczesnego września, czasami powodując znaczne zniszczenia. Roczne opady wynoszą średnio pomiędzy 1000 a 2000 mm i są skoncentrowane w okresie od czerwca do września. W tych miesiącach spada 70 do 80 procent rocznych opadów. W ziemie obszar wysokiego ciśnienia rozwija się nad Syberią, a obszar niskiego ciśnienia nad północnym Pacyfikiem. Skutkuje to przepływem zimnego powietrza przez Japonię w kierunku wschodnim. Przynosi ono bardzo niskie temperatury i intensywne opady śniegu w centralnych łańcuchach górskich zwróconych w kierunku Morza Japońskiego, a na obszarach zwróconych w kierunku Pacyfiku bezchmurną pogodę.

Dwa główne prądy oceaniczne mają wpływ na ten schemat klimatyczny: ciepły prąd Kuroshio (Kuro Siwo, znany także jako Prąd Japoński) i zimny prąd Oyashio (znany również jako Prąd Kurylski). Późny czerwiec i wczesny lipiec są poza obszarem wyspy Hokkaidō sezonem deszczowym. W tym okresie nad Japonią utrzymuje się deszczowy front baiu zensen. W lecie i wczesną jesienią tajfuny, generowane przez tropikalne niże z okolic równika, uderzają w Japonię przynosząc gwałtowne burze.

Zróżnicowane cechy geograficzne dzielą Japonię na sześć głównych stref klimatycznych.

• Hokkaidō: Należy do strefy niskich temperatur. Długie, chłodne zimy i chłodne lata. Roczne opady nie są wysokie.
  
  
• Morze Japońskie: W zimie intensywne opady śniegu przynoszone przez północno-zachodni wiatr okresowy. Latem mniej gorąco niż w rejonie Pacyfiku. Czasami ekstremalnie wysokie temperatury będące wynikiem zjawiska wiatru halnego.
  
  
• Wyżyna Centralna: Typowo śródlądowy klimat skutkuje dużą różnicą temperatur między zimą i latem oraz między dniami i nocami. Opad roczny nie jest wysoki.
  
  
• Morze Wewnętrzne Seto: Góry w regionach Chūgoku i Shikoku blokują wiatry sezonowe i zapewniają łagodny klimat oraz wiele ładnych dni w roku.
  
  
• Ocean Spokojny: Zimy są chłodne, z małą ilością opadów śniegu, a lata gorące i wilgotne w związku z południowo-wschodnim wiatrem sezonowym.
  
  
• Wyspy Południowo-Zachodnie: Ta strefa ma podzwrotnikowy klimat z ciepłymi zimami i gorącymi latami. Opady roczne są bardzo wysokie, do czego przyczyniają się w szczególności pora deszczowa i tajfuny.
  

Najwyższe zimowe temperatury występują na wyspach Nanpo i Bonin, gdzie klimat ma charakter tropikalny w związku z kombinacją szerokości geograficznej, odległości od kontynentu azjatyckiego i ogrzewających wiatrów znad prądu Kuro Siwo i wulkanicznych wysp Kazan Rettō (szerokość geograficzna najdalej wysuniętych na południe Ryūkyūs to 24° N.).
Najwyższa jakakolwiek zanotowana temperatura w Japonii wynosiła 40.9 °C (105.6 °F). Było to w Tajimi, prefekturze Gifu, 16 sierpnia 2007 roku.
Poniżej typowe pory roku:

Zima (grudzień-luty)
Temperatura na  równinach wzdłuż Pacyfiku zimą rzadko spada poniżej 0°C. Jest również bardzo sucho i przez większość czasu słonecznie. Japonia Centralna i Północna Japonia są regionami dobrze znanymi ze sportów zimowych. Japonia Południowa jest stosunkowo łagodna i przyjemna w zimie. 


Wiosna (Marzec-Maj)
Zakwitnięcie śliwy jest znakiem, że chłodna zima niebawem się skończy, a wiosna wkrótce nadejdzie. Następnie zakwita wiśnia, najpiękniej w rejonie Tokio w okresie od końca marca i na początku kwietnia, gdy wiosna jest w punkcie kulminacyjnym. Można wtedy zachwycać się widokiem gór, pól i ogrodów pokrytych delikatnym różowym kwiatem. 


Lato (czerwiec-sierpień)
Japońskie lato zaczyna się w czerwcu od pory deszczowej trwającej od trzech do czterech tygodni. Jest to ważny okres dla farmerów, w którym sieją ryż. Od lipca robi się bardzo gorąco i wilgotno, a wielu Japończyków kąpie się w morzu i odpoczywa w chłodnych miejscowościach wypoczynkowych położonych na obszarach górskich. Lato jest czasem, gdy w całej Japonii organizowanych jest wiele interesujących festiwali i innych wydarzeń kulturalnych.

Jesień (wrzesień-listopad)
Następująca po gorącym i wilgotnym lecie jesień zawsze przynosi świeżość oraz łagodny wiatr. Całe lasy pokrywają się przepięknymi kolorami jesieni. Odwiedzający parki i ogrody zachwycają się obfitością kwitnących chryzantem. Jesień w Japonii jest także czasem wielu wystaw, koncertów muzycznych i turniejów sportowych.